神机营也有很大的劣势，比如起了沙尘的时候，火绳枪基本无法使用。如果强行使用，会导致砂砾进入火绳枪之中，破坏火绳枪。

暴雨天，神机营也几乎处于报废状态。

神机营与弓弩手一样，对天气的依赖很严重。